ワクチンの種類によっても異なりますが、発熱、接種局所の発赤・腫脹（はれ）硬結（しこり）、発疹などが比較的高い頻度（数％から数十％）で認められます。通常、数日以内に自然に治るので心配の必要はありません。

予防接種を受けたあと、接種局所のひどいはれ、高熱、ひきつけなどの症状があったら、医師の診察を受けてください。 お子さんの症状が予防接種後副反応報告基準に該当する場合は、医師から厚生労働省へ副反応の報告が行われます。

ワクチンの種類によっては、極めてまれ（百万から数百万人に1人程度）に脳炎や神経障害などの重い副反応が生じることもあります。このような場合に厚生労働大臣が予防接種法に基づく定期の予防接種によるものと認定したときは、予防接種法に基づく健康被害救済の給付の対象となります。

予防接種を受けたしばらく後に、何らかの症状が出現すれば、予防接種が原因でないかと疑われることがあります。しかし、たまたま同じ時期に発症した他の感染症などが原因であることが明らかになることもあります。これを「紛れ込み反応」と言います。

1.定期の予防接種によって引き起こされた副反応により、医療機関での治療が必要になったり、生活に支障がでるような障がいを残すなどの健康被害が生じた場合には、予防接種法に基づく給付を受けることができます。
2.健康被害の程度等に応じて、医療費、医療手当、障がい児養育年金、障がい年金、死亡一時金、葬祭料の区分があり、法律で定められた金額が支給されます。 死亡一時金、葬祭料以外については、治療が終了する又は障がいが治癒する期間まで支給されます。
3.ただし、その健康被害が予防接種によって引き起こされたものか、別の要因（予防接種をする前あるいは後に紛れ込んだ感染症あるいは別の原因等）によるものなのかの因果関係を、予防接種・感染症医療・法律等、各分野の専門家からなる国の審査会にて審議し、予防接種によるものと認定された場合に給付を受けることができます。
4.予防接種法に基づく定期の予防接種として定められた期間を外れて接種を希望する場合、予防接種法に基づかない接種（任意接種）として取り扱われます。 その接種で健康被害を受けた場合は、独立行政法人医薬品医療機器総合機構法に基づく救済を受けることになりますが、 予防接種法と比べて救済の対象、額等が異なります。（医療費・医療手当・葬祭料については同程度）

※給付申請の必要が生じた場合には、診察した医師、保健所、保健センターへご相談ください。